拜祖和祭祖之间的不同之处主要体现在两者所赋予的含义不同、起源的时间和背景不同，并且在礼俗方面的具体行为也并不相同。

含义不同：

拜祖旧时是在正月初一的中午进行，即在洞头县各家要祭拜祖宗，拜祖的仪式由家庭主妇来主持。

祭祖是指祭祀祖先，是一种隆重的民俗活动，是汉族传统节日里祭祖的四大节日之一。

起源不同：

拜祖，黄帝在涿鹿打败蚩尤之后，回到有熊国。为了建立一个统一的国家，制定一套法律、法规，要大家都去遵守，决定在西泰山大会诸侯。三月三日这天，黄帝登上西泰山，先命祭祀天地山川，然后与各诸侯国君共同商量国家大事，各诸侯国君一致拥戴黄帝为天子，定国号为有熊帝国，国都设在有熊。后人为纪念黄帝的功德，每年三月三这天都要举行各种拜祖活动，尤其到了春秋时期，郑国名相子产更是让这一民间活动得到进一步发扬光大

祭祖中，祭祀主要分为祭拜祖先和祭拜各种鬼神二类。祭祀乃起源于远古时期，古人认为鬼神有很大的权威，能够决定人们的命运，所以他们十分崇敬鬼神。古人认为祖先虽然过世了，灵魂仍然存在，可以降祸、赐福与子孙，因此他们都排定日程，虔诚祭祀。

礼俗不同：

拜祖先列供品，摆好酒盅、筷子，在酒盅里斟上黄酒。在神位和供桌中间要摆一条长椅，然后点起红烛，并在祖先、三官大帝、土地神、灶神等所有神龛香炉上焚香。待红烛燃过四分之三左右或香引将焚完，此时开始烧"金纸"，放鞭炮。最后撤馔，撤馔前要先移动供桌前的椅子。

祭祖，祭献礼仪包括上香、读祝文、奉献饭羹、奉茶、献帛、献酒、献嘏辞(福辞)、焚祝文拜等。有的地方在焚帛烧钱纸时，主祭要在神前献上一杯酒，然后由礼生送至焚帛处，将酒酹在上面，酹时将酒滴成一“心”字，以示祭者献上钱帛之虔诚。在祭祀过程的重要环节，还几次鸣锣击鼓或弦乐伴奏，为祭礼增添热烈。祭礼结束后，将猪肉、羊肉等祭品分给参祭代表。